Janet Kainembabazi Kataaha Museveni được sinh ra tại làng Bwongyera thuộc hạt Kajara, quận Ntungamo, miền Tây Uganda với cha mẹ là ông và bà Edward Kataaha. Bà học tại trường tiểu học Kyamate và trường trung học nữ cao cấp Bweranyangi.

Janet Museveni đã phải sống lưu vong vào năm 1971, khi Idi Amin lật đổ chế độ Milton Obote trong một cuộc đảo chính quân sự. Bà kết hôn với Yoweri Museveni vào tháng 8 năm 1973.[6] Khi chế độ của Idi Amin sụp đổ vào tháng 4 năm 1979, bà trở về Uganda từ Tanzania, nơi bà đang sống lưu vong cùng chồng.

Vào tháng 2 năm 1981 khi Yoweri Museveni phát động cuộc chiến tranh du kích chống lại chính phủ của Tổng thống Obote, Janet Museveni và các con của bà tái định cư tại Nairobi, Kenya, nơi họ sống với bạn bè cho đến năm 1983. Năm 1983, họ chuyển đến Gothenburg, Thụy Điển và ở đó cho đến tháng 5 năm 1986, bốn tháng sau khi Quân đội Kháng chiến Quốc gia của Yoweri Museveni nắm quyền lực ở Kampala.